黑斑云南鳅属于鳅科，体较短，侧扁。尾柄短。头较大，侧扁。主要生活在淡水区。背鳍Ⅲ～8～9；臀鳍Ⅱ～5；腹鳍Ⅰ～6；胸鳍Ⅰ～10～11；尾鳍分枝鳍条13～14（多数为14）。第一鳃弓内侧鳃耙11～15。脊椎骨4十31～34。体长为体高的3.2～4.5倍，为头长的3.3～4.3倍，为尾柄长的6.4～10.3倍。头长为物长的2.8～3.9倍，为眼径的4.2～5，8倍，为眼间距的2.9～3.3倍。眼间距为眼径的1.2～2.0倍。尾柄长为尾柄高的0.7～1.6倍。吻长明显小于眼后头长。口端位或亚下位，唇表面光滑或有浅皱。上颌中部有一齿形突起，下颌匙状，其前缘中部稍凹入。须3对，较短、外侧吻须伸达前鼻孔和后鼻孔的两垂线之间，口角须末端达到眼中央或限后缘下方，少数稍超过眼后缘。背鳍外缘稍外凸，呈浅弧形。背鳍起点至吻端的距离为至尾鳍基部距离的0.9～1.3倍。腹鳍起点与背鳍的第一或第二根分枝鳍条基部相对，其末端不达肛门。尾鳍呈圆弧形或者平截。体被小鳞，至少背鳍之前的前躯有稀疏鳞片。无侧线；头部也无感觉孔。 体浅黄色，背部较暗。背部在背鳍前和后各有7～12和6～9条不规则的黑色（或深褐色）的横条；体侧具不规则的纽曲深褐色横纹，大致背鳍前9～14条、背鳍下4～5条、背鳍后6～9条、尾鳍基部1条。头部多黑色短斑纹或小斑块。各鳍鳍条褐色。